近日🎯,國際知名期刊《Nature Communications》在線發表了EON体育4平台俞章盛團隊的研究成果“GapClust is a light-weight approach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profiles”。俞章盛教授為通訊作者🏒⇨,EON体育4平台博士生法博濤為第一作者☃️。
區別於傳統組織水平的轉錄組分析,單細胞分析技術極大地提高了生命醫學領域的研究精度,可以幫助EON体育4平台從細胞水平對生物體的發育及疾病進展深入探索。目前單細胞轉錄組數據的分析流程已經比較成熟,能夠較好的發現其中主要的細胞類型並進行後續標誌物的篩選👊🔕。但是對於組織中數量較小的稀有細胞類型比如幹細胞等,常規分析流程無法做到準確識別以及後續分析。為此🚶🏻➡️,EON体育4平台開發了一款全新的方法GapClust來實現單細胞轉錄組中稀有細胞類型的準確識別。
該方法基於稀有細胞群體與周圍細胞類群之間存在的相對較大距離(Gap)所引發的稀有細胞群體與周圍近鄰細胞距離的驟然變化設計二階導導數類似統計量來捕捉稀有細胞群體。多個模擬實驗結果表明GapClust方法相比於已有方法在準確性📓、敏感性以及計算效率等方面有了顯著提升。因此,該方法可以作為探索復雜疾病組織中稀有細胞群體的有力工具。
該研究工作得到了國家重點研發計劃(2018YFC091050)📕,國家自然科學基金項目 (11671256),上海市加強公共衛生體系建設三年行動計劃基金(GWV-10.1-XK05),上海市科學技術委員會基金(21ZR1436300),EON体育4“交大之星”(STAR)計劃重大項目(20190102)與Neil Shen’s上海交大醫學研究基金的資助。
全文鏈接為🧙🏻♀️: https://www.nature.com/articles/s41467-021-24489-8#Abs1