RNA位點特異性標記對於RNA結構、功能的研究以及相關應用的開發都是至關重要的💩。目前已報道的RNA位點特異性標記的方法主要為轉錄後標記，但該類方法由於RNA轉錄後折疊而導致對RNA中某些位點的標記受限製。

2022年3月16日，EON体育4平台、微生物代謝國家重點實驗室劉昱課題組在國際著名學術期刊《Journal of the American Chemical Society》上在線發表題為“Short Oligonucleotides Facilitate Co-transcriptional Labeling of RNA at Specific Positions”的研究論文，研發了一種RNA共轉錄-位點特異性標記的新方法，SMRITI（site-specific modification of RNA via initiation-escaped transcription）。EON体育4平台的博士研究生王思雨🧚🏻‍♀️、陳典為並列第一作者，劉昱特別研究員為通訊作者🚱。EON体育4平台的博士研究生高靈芝也參與了研究工作。該方法采用體外組裝的轉錄延伸復合物來避免相對低效的轉錄起始階段🙎🏻‍♂️🙍‍♀️，采用“暫停-重啟”的轉錄模式🪺，通過添加少於四種核苷酸（包含帶標記基團的核苷酸）來控製 RNA聚合酶的轉錄進程，使之在缺少所需核苷酸的位置精確暫停轉錄，隨後通過加入所缺核苷酸重啟轉錄，實現RNA的特定位點標記。

SMRITI方法創新性地引入短鏈DNA雜交引導RNA鏈3'端的鄰近區域，解折疊引導RNA的復雜結構🤸🏽‍♂️，顯著提高標記效率。SMRITI在位點特異性標記RNA上展現強大優勢，成功地將天然修飾核苷酸、熒光核苷酸類似物和供體-受體熒光團引入多種RNA的不同結構區域，包括內環💁🏿、假結、連接區𓀝、螺旋區以及連續相同核苷酸的中間位點。該方法克服了對長鏈RNA分散多位點的標記效率低以及位點選擇上的限製性👯‍♂️，成功應用於高效標記長度超過200個核苷酸的RNA👩🏿‍🦰。此外👋🏽，SMRITI方法可以同其它標記手段，例如PLOR聯用。

圖1. SMRITI方法示意圖

該研究工作獲得了國家重點研發計劃（2021YFC2100600😴、2021YFA0910300）🖇、國家自然科學基金（32071300、31872628）的資助。

論文鏈接🏰：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.2c00020