趙一雷

教授

  • 電話🔳:+86-021-34207190
  • 郵箱👅:yileizhao@sjtu.edu.cn
  • 地址🧘🏽‍♀️:東川路800號
  • 實驗室網址👰🏽‍♂️:http://cbb.sjtu.edu.cn/faculty.php#zhao
  • 聚焦計算生物化學研究,如DNA磷硫酰化引起的雙螺旋結構微擾和化學性質變化、生物合成酶和工業酶突變的反應勢能面與催化效能關系🫎🈹。在JACS🧟、ACS Catalysis等化學主流期刊上發表了近90篇SCI論文,獲UCLA優秀博士後、上海市浦江人才和東方學者😵‍💫、教育部新世紀優秀人才等獎勵。

研究方向

分子光譜和XCMS

生物代謝中的表征應用

結構生物信息學

蛋白質和核酸的化學修飾與生物學功能

化學生物學

反應機理與分子識別機製的理論研究

代表論著

  • •  

    He, B.-B.; Zhou, T.; Bu, X.-L.; Weng, J.-Y.; Xu, J.; Lin, S.-J.; Zheng, J.-T.;* Zhao, Y.-L.;* Xu, M.-J.* (2019) “Enzymatic Pyran Formation Involved in Xiamenmycin Biosynthesis” ACS Catalysis, 9(6): 5391-5399

    •  

    Zhang, Z.; Jamieson, C.; Zhao, Y.-Lei; Li, D.; Ohashi, M.; * K. N. Houk, * & Y. Tang (2019) “Enzyme-catalyzed inverse-electron demand Diels-Alder reaction in the biosynthesis of antifungal ilicicolin H” J. Am. Chem. Soc.. 141 (14), pp 5659–5663

    •  

    Zhou, J.-Y.; Wang, Y.; Xu, G.-C.; Wu, L.; Han, R.-Z.; Schwaneberg, U.; Rao, Y.-J.; Zhao, Y.-L.; Zhou, J.-H.; * Ni, Y* (2018) “Structural insight into enantioselective inversion of an alcohol dehydrogenase reveals a “polar gate” in stereo-recognition of diaryl ketones” J. Am. Chem. Soc. 140(39): 12645-12654

    •  

    Nie, Y.; Wang, S.; Xu, Y.; Luo, S.; Zhao, Y.-L.;* Xiao, R.;* Montelione, G.; Hunt, J.; Szyperski, T. (2018) “Enzyme engineering based on X-ray structures and kinetic profiling of substrate libraries: alcohol dehydrogenases for stereospecific synthesis of a broad range of chiral alcohols” ACS catalysis. 8, 5145−5152

    •  

    Shi, T.; Liu, L.; Tao, W.; Luo, S.; Fan, S.; Wang, X.-L.; Bai, L.; Zhao, Y.-L.* (2018) “Theoretical studies on the catalytic mechanism and substrate diversity for macrocyclization of pikromycin thioesterase” ACS catalysis.  2018, 8, 4323−4332

  • •  

    Chen, X.-P.; Shi, T.; Wang, X.-L.; Wang, J.; Chen, Q.; Bai, L.; Zhao Y.-L.* (2016) “Theoretical studies on the mechanism of thioesterase-catalyzed macrocyclization in erythromycin biosynthesis” ACS catalysis. 6, 4369-4378.

    •  

    Qi, Y.-B; Wang, X.-L.; Shi, T.; Liu, S.; Xu, Z.-H.; Li, XQ; Shi, XL; Xu, P.; Zhao Y.-L.* (2015) “Multicomponent Kinetic Analysis and Theoretical Studies on the Phenolic Intermediates in the Oxidation of Eugenol and Isoeugenol Catalyzed by Laccase” Physical Chemistry Chemical Physics, 17 (44), 29597-29607

    •  

    Huang, Y.; Tian, M.; Zhang, YC; Sheng, G.; Chen, Z.; Ma, Y.; Chen, Y.; Peng, YH; Zhao, Y.-L.*; Wang, YL.; Zhang, LH; Yang, ZJ* (2015) “D-Isonucleotide (isoNA) incorporation around cleavage site of passenger strand promotes the vibration of Ago2-PAZ domain and enhances in vitro potency of siRNA”. Organic & Biomolecular Chemistry, 13(44), 10825-10833.

    •  

    Chen, L.; Wang, X.-L.; Shi, T.; Wu, T.; Deng, Z.; Zhao, YL* (2015) “Theoretical Study on the Relationship between Rp-Phosphorothioation and Base-Step in S-DNA: Based on Energetic and Structural Analysis”. J. Phys. Chem. B, 119, 474–481.

    •  

    Zhang, Y.-C.; Liang, J.; Lian, P.; Han, Y.; Chen, Y.; Bai, L.; Wang, Z.; Liang, J.; Deng, Z.; Zhao, YL* (2012) “Theoretical Study on Steric Effects of DNA Phosphorothioation: B-Helical Destabilization in Rp-Phosphorothioated DNA”. J. Phys. Chem. B, 116, 10639–10648.

獲獎情況

  • 2005年UCLA優秀博士後
  • 2005-2007年度美國交叉學科創新研究(INEST)Fellowship
  • 2011年上海市浦江人才計劃
  • 2012年教育部新世紀優秀人才計劃

教學情況

  • <計算生物化學>
  • 本科生專業課✍🏽,內容為生化實驗數據處理、建模🎐、量化計算以及分子模擬
  • 2018YFA0901201 汙染物降解元件分子識別和催化機製的理論計算及預測 (國家重點研發計劃子課題——所屬課題“難降解有毒汙染物分解代謝功能元器件的挖掘與創製”/難降解有毒汙染物智能生物降解體系)
  • 31970041 基於預反應態模型的生物合成關鍵酶設計和應用 (國家自然科學基金 面上項目)
  • 31770070 DNA磷硫酰化修飾中分子識別及其抗氧化機理研究 (國家自然科學基金 面上項目)

承擔項目

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