魏婷

助理研究員(專職科研)

  • 電話:+86-021
  • 郵箱:weitinging@sjtu.edu.cn
  • 地址🩰:EON体育4葉傑全樓511室
  • 實驗室網址:https://cbb.sjtu.edu.cn/~hfchen/
  • 博士,助理研究員

學術經歷

  • 2022/07-至今 EON体育4 助理研究員
  • 2018/09-2022/06 EON体育4 博士
  • 2016/07-2018/09 諾禾致源科技股份有限公司 生物信息工程師
  • 2013/07-2016/09 南京大學 碩士

研究方向

基於人工智能的蛋白質設計

蛋白質設計旨在設計能夠折疊成期望結構並具有相應功能的蛋白質。蛋白質設計是蛋白質工程的核心問題,例如利用蛋白質設計提高酶的催化效率、抗體的親和性等🥷🏽。基於人工智能算法構建蛋白質設計方法🚣🏽‍♀️,並將該模型應用於CALB等蛋白設計,提高該酶的催化效率等。

蛋白設計網站:https://proteindesign.sjtu.edu.cn/GPDGenerator/

基於人工智能的腫瘤診斷和預後

組織病理學圖像作為腫瘤診斷和分級的臨床金標準,指導臨床醫生做出更精確的治療決策🙍🏽‍♂️。病理學家通過在顯微鏡下評估腫瘤細胞的形態等特征進行分級🧑🏻‍🦼。然而🧑🏿‍🌾,手動評估組織病理學圖像是非常耗時、主觀且不可重復的。基於組織病理學圖像開發人工智能模型直接預測患者生存風險😻,該輔助工具可以用來提高病理學家的效率和準確性,並最終為患者提供更好的治療。特別是對於偏遠地區醫師資源的情況📔,該模型具有重要意義和應用場景。

在線分析網站:https://yu.q94use.cn/DeepCoxSC

 

 

 

代表論著

  • •  

    Ting Wei#; Xin Yuan; Ruitian Gao; Luke Johnston; Jie Zhou; Yifan Wang; Weiming Kong; Yujing Xie; Yue Zhang; Dakang Xu*; Zhangsheng Yu*; Survival Prediction of Stomach Cancer Using Expression Data and Deep Learning Models with Histopathological Image, Cancer Science, 2022, 114(2):690-701. (IF=6.518)

    (*代表通訊作者🗒,#共同第一作者)

    •  

    Ruitian Gao#; Shuai Zhao#; Kedeerya Aishanjiang#; Hao Cai#; Ting Wei#; Yichi Zhang; Zhikun Liu; Jie Zhou; Bing Han; Jian Wang; Han Ding; Yingbin Liu; Xiao Xu; Zhangsheng Yu*; Jinyang Gu*; Deep learning for differential diagnosis of malignant hepatic tumors based on multi-phase contrast-enhanced CT and clinical data, Journal of Hematology & Oncology, 2021, 14(1):154. (IF=23.168)

    •  

    Ting Wei#; Botao Fa; Chengwen Luo; Luke Johnston; Yue Zhang; Zhangsheng Yu*; An efficient and easy-to-use network-based integrative method of multi-omics data for cancer genes discovery, Frontiers in Genetics, 2021, 11:613033. (IF=4.772)

    •  

    Hanyi Chen#; Ting Wei#; Haiyin Wang#; Yi Zhou; Hua Chen; Lianghong Sun; Shaotan Xiao; Wuren Ma; Huijuan Zhao; Guanghua Chen; Xinlei Liang; Donglan Zhang; Weiwei Zheng*; Yixin Zhou*; Zhangsheng Yu*; Association of China’s two-child policy with changes in number of births and birth defects rate, 2008–2017, BMC Public Health, 2022, 22(1):434. (IF=4.135)

    •  

    Botao Fa#; Ting Wei; Yuan Zhou; Luke Johnston; Xin Yuan; Yanran Ma; Yue Zhang; Zhangsheng Yu*; GapClust is a light-weight approach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profiles, Nature Communications, 2021, 12(1):4197. (IF=17.694)

  • •  

    Yuan Zhou#; Botao Fa; Ting Wei; Jianle Sun; Zhangsheng Yu*; Yue Zhang*; Elastic Correlation Adjusted Regression (ECAR) scores for high dimensional variable importance measuring, Scientific Reports, 2021, 11(1):23354. (IF=3.998)

    •  

    Xin Yuan#; Shuangge Ma; Botao Fa; Ting Wei; Yanran Ma; Yifan Wang; Wenwen Lv; Yue Zhang; Junke Zheng; Guoqiang Chen; Jing Sun; Zhangsheng Yu*; A high-efficiency differential expression method for cancer heterogeneity using large-scale single-cell RNA-sequencing data, Frontiers in Genetics, 2022, 13:1063130. (IF=4.772)

    •  

    Xiaokun Hong#; Kaiyuan Song; Mueed Ur Rahman; Ting Wei; Yan Zhang; Lin-Tai Da*; Hai-Feng Chen*; Phosphorylation Regulation Mechanism of β2 Integrin for the Binding of Filamin Revealed by Markov State Model, Journal of Chemical Information and Modeling, 2023, 63(2):605-618. (IF=6.162)

    •  

     陳海峰; 魏婷; 一種基於 Graphormer 算法的蛋白質序列設計方法, 2022-11-18, 中國, CN202211443753.0.(專利)

  • EON体育4“交大之星”計劃醫工交叉研究基金青年項目, YG2023QNA16, 基於供肝病理多模態深度學習的肝移植術後移植物功能障礙預測研究, 2023-01 至 2025-12, 25萬元, 在研👲🏿,共同主持

承擔項目

學生培養

  • 在讀學生
  • 畢業學生
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